決定索氏提取效率的因素除了提取溶劑之外，還有就是提取溶劑的回流次數(在某種程度上可以說是提取時間)，一般實驗室中使用的水浴鍋溫度分布不是很均勻、提取用的圓底燒瓶的瓶壁厚薄不一均會造成的回流速率的差異；一般在實驗中水浴的溫度不能過高以防止暴沸造成目標物的損失；

在索氏提取中，裝樣品一般都是用濾紙筒，不宜使用金屬的篩筒(這會造成部分目標物的分解，如Fe可能會造成某些有機氯分解)。此外，應注意濾紙筒在裝樣之后與提取器的匹配，尤其須注意紙筒不能堵塞虹吸回流管。

實驗中所使用的索氏提取器不宜過大，否則溶劑蒸氣到達提取器之前由于環境空氣的冷凝作用而減少(特別是冬天等環境溫度較低的時候)，從而減緩了提取效率，使得提取耗時過長。